本学部学生の解剖学実習のために献体された方々のご遺体は、解剖実習後、荼毘に付された後にご遺族の方々へご遺骨をお返ししています。献体者に身寄りが全く無い場合やご遺族の都合によってご遺骨を引き取れない場合があります。このようなご遺骨を納骨するため、千葉県松戸市の「松戸霊苑」に、日本大学歯学部納骨堂を建立しました。この納骨堂は約1、200体のご遺骨が収容可能で、現在264体のご遺骨が安置されています。毎年4月に、松戸霊苑にある瑞雲寺のご住職の読経のもと、納骨の儀式が厳かに行われています。